Thời Trần - Hồ và thuộc Minh, vùng đất Đakrông nằm trong huyện Ba Lãng và một phần huyện Thạch Lan (bao gồm cả Hướng Hóa), thuộc châu Thuận, trấn Thuận Hóa. Thời Lê - Mạc, từ khi châu Thuận được cải đặt thành hai huyện: Hải Lăng và Vũ Xương cùng với 2 châu: Sa Bôi và Thuận Bình⁽¹⁾ thì vùng đất Đakrông hiện nay nằm trong châu Thuận Bình phủ Triệu Phong, thừa tuyên Thuận Hóa. Châu Thuận Bình là đơn vị hành chính và cũng là “nơi cư trú của các làng bản thổ dân” thuộc nguồn Viên Kiều ở trên địa bàn huyện Hải Lăng⁽²⁾. Nguồn Viên Kiều là nguồn của sông Thạch Hãn, tức là thuộc lưu vực sông Đakrông, thượng nguồn Thạch Hãn/sông Cái. Số lượng các đơn vị cư trú của các tộc Man (tức người Bru - Vân Kiều và Tà Ôi/Tôi Ôi) thuộc châu Thuận Bình được biên chép một cách khái lược trong mục thuế khóa của sách “Ô châu cận lục” có 19 sách, 10 động⁽³⁾. Nhưng theo bản đồ Hồng Đức thì châu Thuận Bình có 6 tổng, 26 xã⁽⁴⁾. Khảo cứu về đơn vị hành chính châu này thời Lê - Mạc cho đến nay vẫn còn bỏ ngỏ.

Thời chúa Nguyễn, châu Thuận Bình thuộc huyện Hải Lăng.

Riêng vùng thung lũng Ba Lòng - nơi có phường Mai Hoa (thời Nguyễn đổi thành Mai Lĩnh) thuộc tổng An Khang và Na Nẫm (Đá Nằm) của người Việt (hình thành từ thế kỷ XVII) thì thuộc tổng Hoa La, huyện Hải Lăng⁽⁵⁾.

Thời Nguyễn, vào năm Minh Mệnh thứ 3 (1822), lấy 4 sách Viên Kiệu, Tầm Linh, Làng Tổng và Làng Liên đặt làm châu Hướng Hóa, thuộc đạo Cam Lộ, dinh Quảng Trị⁽⁶⁾. Năm Minh Mệnh thứ 8 (1827), khi cho đổi dinh Quảng Trị thành trấn Quảng Trị, nhân việc vùng đất Trấn Ninh xin sát nhập vào lãnh thổ nước ta, Sa trưởng các châu dâng sổ đinh điền và xin cho đứng vào hàng châu huyện, bèn đem 1 đạo Mường Vang, 7 châu Sa Bôn, Thượng Kế, Tá Bang, Xương Thịnh, Tầm Bồn, Ba Lan, Mường Bổng và 1 sách Làng Thìn, cả thảy 9 cống man, đổi làm 9 châu, gọi là Cửu châu ky mi (nay thuộc đất Lào), còn 4 nguồn, 5 sách và 6 tộc thuế man thì đổi làm 15 tổng, đều thuộc châu Hướng Hóa, các đầu mục tổng trưởng đều trao cho chức cai tổng. 15 tổng này sau hợp lại làm 9 tổng thuộc đạo Cam Lộ (năm 1831 đổi thành phủ Cam Lộ)⁽⁷⁾. Năm Minh Mệnh thứ 15 (1834), đổi châu Hướng Hóa làm huyện Hướng Hóa⁽⁸⁾. Vùng đất Đakrông thời Minh Mạng bao gồm tổng Viên Kiều (11 xã, ấp) và có thể cả tổng Làng Thuận (10 xã, ấp), tổng Làng Sen (9 xã, ấp), thuộc huyện Hướng Hóa, phủ Cam Lộ. Riêng hai phường mới được thiết lập của người Việt là phường Trinh Thạch (về sau tách thành hai phường Đá Nổi và Thạch Xá) và phường Sái Xuân (có lẽ là thôn Xuân Lâm hiện nay) thì thuộc tổng An Thái, huyện Hải Lăng⁽⁹⁾.

Năm Tự Đức thứ 3 (1850) đổi tên huyện Hướng Hóa thành huyện Thành Hóa. Lúc này, tổng Viên Kiều thuộc huyện Thành Hóa quản lãnh 10 tổng, 99 xã, thôn, phường ấp⁽¹⁰⁾. Đến thời Thành Thái, huyện Thành Hóa đổi lại thành huyện Hướng Hóa; huyện nha đóng tại xã Húc Thượng, tổng Viên Kiều (sau dời đến Mai Lĩnh). Thời Duy Tân bỏ phủ Cam Lộ đặt thành huyện và đặt lại huyện Hướng Hóa (1908). Huyện nha cũng đặt tại xã Húc Thượng tổng Viên Kiều⁽¹¹⁾. Vùng đất Đakrông ngày nay thuộc huyện Hướng Hóa. Theo danh mục xã ấp các tổng của huyện Hướng Hóa chép trong Đồng Khánh địa dư chí thì tổng Viên Kiều, 11 xã, ấp (xã Húc Thượng, xã Húc Hạ, ấp Chu Lăng, ấp Làng Chiếm, ấp Làng Ðộng, ấp Hồ Lai, ấp Làng Cát, ấp Ca Ngu, ấp Làng Rượu, ấp Thẩm Ðoan, ấp Ba Ðường); tổng Làng Thuận, 10 xã, ấp (xã Làng Trầm, xã Làng Công, xã Làng Cồn, ấp Làng Thuận, xã Làng Thường, ấp Mỹ Ðài, ấp Làng Húc, ấp Làng Vi Thượng, ấp Làng Vi Hạ, ấp Làng Quần); tổng Làng Sen, 9 xã, ấp (xã Làng Sen, xã Làng Trúc Thượng, xã Làng Trúc, xã A Qua, ấp Làng Sen, ấp Làng Mít Ðông, ấp Làng Mít Tây, ấp Làng Ô, ấp Làng Trì)⁽¹²⁾.

Sau Cách mạng tháng Tám năm 1945 và trải suốt cuộc kháng chiến 9 năm chống Pháp, trên địa bàn huyện Đakrông ngày nay, vùng thung lũng Ba Lòng trở thành chiến khu, căn cứ địa cách mạng - trung tâm đầu não của bộ máy lãnh đạo kháng chiến của tỉnh Quảng Trị.

Trong 9 năm kháng chiến chống Pháp, từ sau Đại hội huyện Đảng bộ lần thứ II (tháng 2 năm 1950), huyện Hướng Hóa có 14 đơn vị hành chính cấp xã được phân chia thành hai khu vực: Khu vực Bắc Đường 9 gồm các xã: Hướng Phùng, Hướng Việt, Hướng Lập, Hướng Tân, Hướng Linh. Khu vực Nam Đường 9 có các xã: Hướng Sơn, Tà Long, Hướng Điền, Hướng Học, Hướng Khai, Hướng Phong, Hướng Vân, Hướng Minh, Hướng Lâm⁽¹³⁾. Trên địa bàn huyện Đakrông hiện nay có các xã: Hướng Sơn, Tà Long, Hướng Điền, Hướng Học, Hướng Khai, Hướng Phong.

Sau Hiệp định Genève (20/7/1954), chính quyền và lực lượng vũ trang cách mạng tập kết ra Bắc, đảng Đại Việt lên chiếm vùng Ba Lòng định lập chiến khu chống lại chính quyền Ngô Đình Diệm, nhưng không thành. Trong năm 1955, chính quyền miền Nam chưa quản lý được vùng phía tây Quảng Trị. Theo Nghị định số 4245-NĐ-PC ngày 8/12/1955 của Đại biểu Chính phủ tại Trung Việt, các đơn vị hành chính tỉnh Quảng Trị phía nam sông Bến Hải gồm có 6 quận, 65 xã và 395 thôn; trong đó, vùng đất thuộc Đakrông ngày nay không thấy ghi xã, thôn nào. Điều đó cho thấy chính quyền Việt Nam Cộng hòa chưa thiết lập được các đơn vị hành chính ở khu vực này⁽¹⁴⁾.

Năm 1956, theo Nghị định 1844-NĐ-PC của Chính phủ Việt Nam Cộng hòa tại Trung Việt ngày 1/10/1956, nha Đại diện hành chính Ba Lòng được thiết lập với 20 làng, thôn, bản gồm: Văn Vận, Tân Trà, Thạch Xá, Đá Nổi, Hà Vụng, Khe Giữa, Lương Hạ, Vạn Đá Nổi, Mai Sơn, Na Nẫm, Xuân Lâm, Vạn Đoàn Kết (của người Việt, nguyên thuộc huyện Hải Lăng), Đông Dong, Ba Rầu, Luồi, Mang, Mung, Bội, Ba Xang, Bông⁽¹⁵⁾ (của người Vân Kiều, nguyên thuộc huyện Hướng Hoá). Các nơi khác chính quyền miền Nam chưa quản lý được.

Từ ngày 17/5/1958, theo Nghị định 215-HC/P6 của Bộ trưởng Nội vụ Việt Nam Cộng hoà, nha Đại diện hành chính Ba Lòng đổi thành quận Ba Lòng. Quận Ba Lòng gồm 7 xã: Ba Lương, Ba Xuân, Ba Hy, Ba Bình, Ba Thanh, Ba Đăng, Ba Linh. Quận lỵ đóng tại xã Ba Lương (tức xã Ba Lòng nay)⁽¹⁶⁾. Từ năm 1964, theo Nghị định 1011-NV, ngày 23/5/1964 của Thủ tướng Việt Nam Cộng hoà, quận Ba Lòng cải thành Cơ sở phái viên Hành chánh Ba Lòng. Theo đó, các xã của quận này nhập vào quận Triệu Phong. Bốn tháng sau, theo Nghị định 1770-NV ngày 9/9/1964 của phủ Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Cộng hòa, Cơ sở phái viên Hành chánh Ba Lòng giải thể. Các xã thuộc quận Ba Lòng trực thuộc quyền Quận trưởng quận Triệu Phong⁽¹⁷⁾.

Sau khi đất nước thống nhất, tháng 2/1976, tỉnh Bình Trị Thiên được thành lập. Vùng đất thuộc huyện Đakrông ngày nay là một phần của huyện Hướng Hóa thuộc tỉnh Bình Trị Thiên. Toàn bộ các thôn làng của người Việt vùng thung lũng Ba Lòng được đặt dưới một đơn vị hành chính là xã Ba Lòng; còn thôn 5, Tà Lang của người Vân Kiều nằm trong đơn vị hành chính là xã Hải Phúc, thuộc huyện Triệu Phong (sau ngày 11/3/1977 thì thuộc huyện Triệu Hải). Xã Mò Ó và Hướng Hiệp thuộc huyện Cam Lộ (sau ngày 11/3/1977 thì thuộc huyện Bến Hải). Các xã Hướng Hiệp, Tà Long, Húc Nghì, Tà Rụt, A Vao, A Ngo, A Bung, Ba Nang thuộc huyện Hướng Hóa.

Ngày 15/8/1981, theo Quyết định số 187-CP của Hội đồng Chính phủ, xã Ðakrông thuộc huyện Hướng Hóa được thành lập trên cơ sở sáp nhập các thôn Tà Linh, Ba Từng, Chân Rò tách từ xã Tà Long và các thôn Ba Ngào, Tà Cu, Làng Cát và Vùng Kho tách từ xã Húc⁽¹⁸⁾.

Ngày 17/9/1981, theo Quyết định số 73-HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng, xã Ba Lòng được chia thành hai xã, lấy tên là xã Ba Lòng và xã Triệu Nguyên thuộc huyện Triệu Hải. Hai xã Mò Ó và xã Hướng Hiệp của huyện Bến Hải được sáp nhập vào huyện Hướng Hoá⁽¹⁹⁾.

Từ năm 1984, sau khi thành lập thị trấn Khe Sanh, huyện Hướng Hoá có 1 thị trấn và 30 xã. Trong đó, thuộc địa bàn huyện Đakrông hiện nay có các xã: Mò Ó (6 thôn/bản: Làng Cát, Phú Thiềng, Khe Lặn, Ba Rầu, Khe Luồn, Km 41), xã Hướng Hiệp (12 thôn: Pu Loang, Khung, Hà Bạc, Khe Van, Khe Hiến, Ruộng, Phường Vi, Phú An, Phường Rúc, Ra Lu, A Rồng, Khe Xông), xã A Vao (7 thôn/bản: Tân Di, A Vao, xóm Đang, Pa Ling, Kỳ Nơi, A Sau, Rò Ró), xã Pa/Ba Nang (8 thôn/bản: Pa Nang, Tà Rẹc, A La, Ta Mên, Bù, Ngược, Troăm, làng Cóc), xã A Ngo (7 thôn/bản: A Roàng Trên, A Xói, A Đeng, A Roàng Dưới, Ăng Côn, A Ngo, A La), xã A Bung (6 thôn/bản: Cù Tài, A Bung, Ty Nê, Cộp, A La Hót, A Luông), xã Húc Nghì (3 thôn/bản: La Tó, Húc Nghì, Cợp), xã Tà Rụt (6 thôn/bản: Tà Rụt, A Liêng, A Đăng, Vực Long, A Pan, Kinh tế mới), xã Đakrông (10 thôn/bản: Xa Lăng, Ta Lèng, Cu Pô, Ka Lu, Làng Cát, Ba Ngào, Châu Ro, Khe Ngai, Vùng Kho, Pa Tầng).

7 năm sau khi tách tỉnh Bình Trị Thiên, ngày 17/12/1996, theo Nghị định 83-CP của Chính phủ, huyện Ðakrông được thành lập trên cơ sở 10 xã của huyện Hướng Hoá (Mò Ó, Hướng Hiệp, Đakrông, Tà Long, Húc Nghì, Tà Rụt, A Vao, A Ngo, A Bung, Ba Nang) với 99.140 ha diện tích tự nhiên và 19.769 nhân khẩu và 3 xã của huyện Triệu Phong (Hải Phúc, Ba Lòng, Triệu Nguyên) với 19.197 ha diện tích tự nhiên và 4.911 nhân khẩu⁽²⁰⁾. Sau khi thành lập, huyện Đakrông có diện tích tự nhiên 118.337 ha và 24.680 nhân khẩu, với 13 đơn vị hành chính cấp xã.

Ngày 2/1/2004, theo Nghị định 08/2004/NĐ-CP của Chính phủ, thị trấn Krông Klang - thị trấn huyện lỵ của huyện Đakrông được thành lập trên phần đất của 2 xã Mò Ó và Hướng Hiệp.     

Trải qua bao biến động, đổi thay, tách nhập, đến nay, huyện Đakrông có 13 đơn vị hành chính, bao gồm: thị trấn Krông Klang và 12 xã: Đakrông, A Vao, A Bung, A Ngo, Tà Rụt, Húc Nghì, Tà Long, Ba Nang, Mò Ó, Hướng Hiệp, Triệu Nguyên, Ba Lòng.